Circulomics

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Circulomics社

 

低分子DNA除去キット

 

Short Read Eliminator kit

 

第3世代ロングリードシークエンサー対応

新しい高分子DNAサイズセレクション方法

 

    • 最大40 kb 以下のDNAを除去し、ロングリードシークエンスの平均リード長を著しく向上

 

    • 除去サイズ (10 kb, 25 kb, 40 kb) に応じたラインアップ

 

    • 無駄なリードを減らし、シークエンス効率がアップ(Oxford Nanopore社 MinION/GridION/PromethIONを使った検証で、N50リード長が著しく 向上)

 

    • 自動DNA断片ゲル抽出装置が不要。遠心分離機のみのシンプルステップでキレイに精製

 

    • 同社のナノバインド高分子ゲノムDNA抽出精製キットと合わせて使用すると、さらにシークエンス効率がアップ
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    • Oxford Nanopore社 MinION/GridION/PromethIONのプラットフォームで検証済み

プロトコール

 

遠心分離機のみのシンプルステップでキレイに精製!

高分子ゲノムDNAサイズセレクション

 

低分子DNA除去キット (SRE) を用いてサイズ選択された高分子 (HMW) DNA;Agilent Tapestationにて測定

Oxford Nanopore社 GridIONによるシークエンス解析

GM12878細胞からナノバインド高分子DNA抽出キット(Nanobind) を用いて精製したDNAのリード長解析。低分子DNA除去キットを用いると、ロングリードの割合が増加!

低分子DNA除去キット (SRE) を使用すると、N50値が25.5kb から36kbへさらに向上!

商品情報

低分子DNA除去キット (Short Read Eliminator kit) シリーズ

 

  • Short Read Eliminator XS (除去サイズ < 10 kb): SKU SS-100-121-01
  • Short Read Eliminator (除去サイズ < 25 kb): SKU SS-100-101-01
  • Short Read Eliminator XL (除去サイズ < 40 kb): SKU SS-100-111-01

 

ナノバインド (Nanobind) テクノロジーとは?
 
Circulomics社が独自に開発した、高密度シリカのナノ構造を利用したテクノロジーです。シリカ表面の微細しわ構造によってDNAへのダメージを防ぎ、DNAが結合できる表面積を増加させます。

 
 

他社の高分子 DNA 抽出精製キットとはどう違うの?
 
ナノバインド・テクノロジーを磁気ディスクと組み合わせることにより、従来の磁気ビーズやシリカ製スピンカラムを使用するキットでは実現できなかった、ハイクオリティな高分子(~300+kb)または超高分子(~1+Mb)ゲノムDNAを抽出・精製することが可能となりました。他社の類似品に比べ、第3世代シークエンス時のN50値を大幅に向上させることができます。

プロトコール

 

高分子 (~300+kb) または超高分子 (~1+Mb) DNAの抽出に応じて、2種類のプロトコールが選択可能

ナノバインドで精製した高分子、超高分子DNA

 

高分子DNAプロトコールを使用した場合(HMW) のDNAサイズは50~300+ kb。超高分子DNAプロトコールを使用した場合 (UHMW) のDNAサイズは5.7 Mb 強になることも。

PacBio社Sequel によるリード長解析

 

ナノバインド高分子ゲノムDNA抽出キットを用いて、様々なサンプルからDNAを精製後、PacBio社Sequelを使用してシークエンス解析したもの。N50値、最大サブリード長、総データ容量。

商品情報

ナノバインド高分子ゲノムDNA抽出キット - 細胞、バクテリア、全血用

Nanobind CBB Big DNA kit

SKU NB-900-001-01

ナノバインド高分子ゲノムDNA抽出キット - 組織用

Nanobind Tissue Big DNA kit

SKU NB-900-701-01

ナノバインド高分子ゲノムDNA抽出キット - 植物用

Nanobind Plant Nuclei Big DNA kit

SKU NB-900-801-01